8-【samtools】的安装和使用
2021-02-15 本文已影响0人
lkj666
安装时间:2021.2.15
1. 简介
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能。
2. 安装
利用conda一键安装
conda install samtools
问题1:通过conda install samtools
下载后不能使用,报错出现samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
解决办法:
- 方法一:输入:
conda install -c bioconda samtools openssl=1.0
。 - 方法二:可能是系统中python版本太高,可以用conda建立一个低版本的python独立环境然后下载samtools。
3. 基本使用
3.1 截取基因组序列
第一步:建立索引,生成后缀为.fai
的文件
samtools faidx inputa.fa
第二部:提取序列到新文件中
samtools faidx inputa.fa scffold2:2568-5968 scffold3:8569-5896 > output.txt
为了知道序列的序列的名称,通常会配合
seqkit
一起使用