RNA-Seq数据分析前准备——注意事项

转录组数据分析前还有许多要注意的事情，这些细节往往决定了数据分析的准确性及可信性。现在此一一列出，以供参考，详细解读随后逐步完善。

1. 首先要明确数据使用什么测序仪测的，这可以帮助明确接头和序列长短，以及建库方式；
2. 核糖体RNA含量。核糖体RNA含量过高会影响后期比对率，导致比对率偏低；
3. 建库方式。是否为链特异性建库，很多软件对于链特异性数据及非链特异性数据的参数有所不同，而对于数据是否为链特异性的检验可以通过RSeQC来实现，具体方法随后文章介绍
4. 数据是单端还是双端。目前市场上正规测序公司测得的RNA-seq数据大多是双端数据（pair-end），但也不乏有个别研究人员进行单端（single-end）测序。此外所有软件对于单双端数据都有不同的设置参数，因此明确测序方式对后续分析尤为重要。
5. 物种。明确数据物种至关重要，这一点对于每个进行RNA-seq分析的研究人员来说无需多言。
6. 参考基因组及参考转录组的使用。对于参考基因组及参考转录组的内涵需要有明确认知，此外对于何时需用参考基因组、何时需用参考转录组，也是每一个分析人员需要明确的。具体的使用与软件和分析目的有关，我将在后续的软件及各个分析环节中提及。
7. 数据量。数据量影响了后续每一个步骤的分析速度，这也帮助确定是否需要使用多线程分析，当然有条件可以使用最大资源运行每一步。
8. 其他注意事项有待补充......