单端测序 paired-end mate-paired测序的区别

单端测序

我的理解就是一条序列测到头

paired-end测序

正常的illumina测序，如图下

mate-paired 测序

先把基因组打成2-10KB的样子，序列比较长，然后双端修复环化，添加生物素，然后在把环化后的基因，打成短序列。然后用链霉素沉淀出含有生物素的序列，后面的步骤和paired-end测序差不多，添加接头去测序，也是双端测序。如图下

优点：

1. 用于de-nove组装

2. 检测基因的重排（因为它跨度很大）

3. 检测染色体结构变异

4. 如果能够和短序列行想比配，效果会更好。The larger inserts (mate pairs) can pair reads across greater distances. Therefore they are able to better cover highly repetitive regions. Short-insert paired-end reads can fill in gaps missed by larger mate pairs. This combination leads to larger contigs and greater accuracy of the final consensus sequence.

5. mate-paired 两端的序列形成”一对”，中间的距离叫插入长度（insert length, ins_length）。PE/MP 测序的结果除了序列本 身外还有中间的距离信息。距离信息可以用来判定组装后成对 reads 间的序列是否准确，也可 用来帮助组装。这种测序方式可以用来解决基因组中的重复序列难题，被广泛采用。。