零基础生信入门路线-个人推荐
最近实验室有几个小伙伴准备入门生信，于是我就来写一写我的入门路线推荐，考虑的受众主要是非生信专业的生物医学科研狗。
由于一些小伙伴过去几乎没有接触过生信，所以我先科普一下国内的生信社区，以及生信入门的常见模式。如果你不想了解这些，可以直接跳到“系统性自学”段落，马上开始学习！
（一）初识国内生信社区
小白想要入门生信，首先要解决的问题不是学什么，也不是怎么学，而是跟学谁。如果让我推荐一个团队，那一定是生信技能树。如果推荐一个人，那一定是曾健明（Jimmy）老师。
从我的视角来看，生信技能树可以称为最大的生信中文交流社区，而它的创始人Jimmy堪称国内生信教学第一人。
生信技能树
首先，我们需要了解一下生信技能树分享资料的方式，这样才能更高效地选择自己需要的资料进行学习。
太长不看版：个人推荐入门早期重点看b站视频（2）和菜鸟团博客（3），以后长期关注生信技能树公众号（1），遇到问题主要通过1、3、4、5等途径搜索，其余作为进阶资料慢慢了解。
1 微信公众号“生信技能树”
这可能是目前最活跃的一个平台，每天都会推送文章。因为每天推送的内容系统性不强，对于小白来说可能效率不是很高。但这是一个很好的搜索资源，常见问题往往都可以搜到（划重点）。
这儿贴一段Jimmy老师的原话：
首先生信技能树公众号置顶是必须滴，这样才方便追我们的教程：https://mp.weixin.qq.com/s/PKjcdp8Q15K1CRSZmOFxvA 对于喜欢的公众号不置顶，等价于不关注！
其次要学会在技能树公众号历史教程里面根据关键词查询：https://mp.weixin.qq.com/s/TQqKlNRRbSYPM74D7mflsg 基本上初学者问题都有解决方案
最后可以使用微信读书十秒收集技能树公众号全部文章，https://mp.weixin.qq.com/s/
补充一点搜索小技巧：通过电脑来搜索微信文章，可以用“搜狗微信搜索”https://weixin.sogou.com/
2 b站UP主“生信技能树-jimmy”
上面有很全的生信入门教学视频，非常适合初学者。**个人推荐把b站视频作为入门学习的第一站~ **
b站视频的地址：https://space.bilibili.com/338686099?spm_id_from=333.788.b_765f7570696e666f.2
这里面课程有点多，所以jimmy老师做了个目录，告诉同学们从何学起：
https://mp.weixin.qq.com/s/IyFK7l_WBAiUgqQi8O7Hxw
3 生信菜鸟团博客
早在简书、微信公众号、语雀这些信息媒介都还不流行的时候，博客是码农们交流的主要方式（现在也依然流行）。
生信菜鸟团博客是Jimmy老师的个人博客，已经有好多年的历史了，积攒了上万篇教程，现在还在继续更新。我们不需要一篇篇看过去，只要学会检索就可以了。
补充一个搜索小技巧：在百度搜索时，检索词的后面加上 site:www.bio-info-trainee.com，就可以检索指定主域名下所有包含检索词的文章啦
例如：百度搜索“周末 site:www.bio-info-trainee.com”，前三条都是初学者非常需要的资料，后面还会提到。
4 简书ID“生信技能树”
生信技能树的简书文章也很多，需要学会搜索。“热门”这个栏目里的教程可以简单浏览一下，知道有哪些资料大家都在看。等到入门了以后，如果想要学习组学上游流程，有一些以“给学徒的xxxx”为题的文章非常好用。
简书的网页端目前还不能对指定用户的文章进行检索，但是手机app是可以的。
5 生信技能树论坛
都2020年了，没有多少人还在用论坛交流了，但这里面积淀的知识还是在闪着光。
不多介绍了，我个人基本上就只用检索功能，不会主动去逛。但我发现还是偶尔有人会在上面发发帖子的。
同样，可以在百度通过 关键词+site:www.biotrainee.com 进行搜索
6 语雀团队“生信技能树”
语雀是2020年刚火起来的分享平台，功能非常优秀，个人强烈推荐掌握它。
生信技能树在语雀目前有三个知识库，适合系统性的学习，不过初学者一时半会还用不到。
7 生信技能树进阶课程网站
高级的有偿视频课程，在这里可以买。（入门阶段是用不到的）
8 生信技能树社区的其他微信公众号
生信菜鸟团：“生信菜鸟团”公众号虽然与“生信菜鸟团”博客同名，但内容是完全不同的。公众号虽然名字叫菜鸟团，但是菜鸟一般看不懂，可能要入门半年以上才能跟得上节奏。后期进阶了以后可以多关注它，对于追踪新的方法和高级的操作有帮助。（我觉得它真实的名字应该叫生信大佬团）
单细胞天地：顾名思义，专门分享单细胞相关的教程、文献和资料。
生信星球：两位技能树讲师（一对cp）的日常技能分享。
其他生信平台
这个part在0基础入门的阶段可以不看，进阶以后可能用得到。
我认为目前比较好的生信交流平台还有：
小丫画图（微信公众号/微信群/微店）
“小丫画图”在生信作图方面有非常多的积累，采用的是有偿众筹模式，价格不贵，可以学到很多。在入门了R语言并对组学数据处理有基本的了解后，可以学习一下。
进入微信公众号“小丫画图”，可以找到加入小丫画图群的方式。
生信宝典（微信公众号）
生信宝典的教程我个人认为看起来是比较舒适的，但是需要有一定的基础。对于0基础入门阶段不太适合，进阶以后可以了解。
生信修炼手册（简书）
在简书搜一些问题的时候，常搜到生信修炼手册的文章，能够解决我的需求。
……
其他优秀平台待补充。
（二）生信入门学习模式
根据个人需求和计划投入的时间，生物医学科研狗（非生信专业学生）入门生信的模式大概可以概括为几个层级：1、做大佬的学徒；2、报培训班上课；3、系统性自学；4、野路子上阵。前三个层级我都会提一下，重点放在第三层，因为我身边大部分的小伙伴会选择自学。
做大佬的学徒
这里的大佬就特指Jimmy老师了，本人走的就是这条路。如果你能找到其他大佬并成功成为他的学徒，那么另当别论。
关于Jimmy老师如何培养学徒，见《生信技能树超级VIP入场券发放》
https://mp.weixin.qq.com/s/K8WiX5C7BYC3WonM2VcdHQ 或 http://www.bio-info-trainee.com/5411.html
里面分享了学徒培养前四周的讲义思维导图：
- 学徒第一周：文档链接：https://mubu.com/doc/38tEycfrQg 密码：vl3q
- 学徒第二周：文档链接：https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码：p6fo
- 学徒第三周：文档链接：https://mubu.com/doc/1iDucLlG5g 密码：7uch
- 学徒第四周：文档链接：https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码：wk29
关于如何成为Jimmy老师的学徒，在上面那个微信链接的末尾有，另外还可以自己到生信技能树公众号搜索“招学徒”。
报培训班上课
如果喜欢报班的话，这里依然推荐生信技能树开的班。
付费入门课程，推荐“生信爆款入门-全球听”
免费公益课程，按需加入：
R语言公益课程（以画图为主）：https://mp.weixin.qq.com/s/fqPF-1rc-6ftxrnY09inKQ
系统性自学（重点）
重点来了！！
这边两篇生信技能树推出的系统性入门路线非常经典，能够为你提供一个整体的感觉：
生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)：http://www.bio-info-trainee.com/5409.html 或 https://mp.weixin.qq.com/s/xOT4QGQsBMwu6R38AE9Y6A
生信分析人员如何系统入门linux？http://www.bio-info-trainee.com/1661.html 或 https://mp.weixin.qq.com/s/2RqjIWEARgMmk3h_sAYtUw
接下来开始就是具体的操作啦~
1 准备工作：安装软件
以下是Jimmy老师给我的指示，请照着做完它：
安装下面这些生物信息学软件跟自己在电脑上面安装QQ，微信等界面版本娱乐软件是一样的道理：
对于Windows用户：务必提前 安装 好 Xshell, Winscp, everything, notepad++, git 或者同等功能的软件
对于Mac用户：必须提前安装好, brew,FileZilla,iTerm,TextWrangler,或者同等功能的软件
这些软件我都提前打包好了，链接：https://share.weiyun.com/5hW6VAA 密码：d63d2c
务必提前安装好R语言及Rstudio
R：https://cloud.r-project.org/
rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
这个安装需要自行选择合适自己电脑的版本，对于Windows用户请务必把所有软件安装在C盘，对于Mac用户，一切默认安装即可。
提醒：软件安装请不要出现中文路径！！！
为了避免你根据邮件安装软件有困难，我编辑了这个视频给你 ，链接：https://share.weiyun.com/54W3N7A
- 百度搜索“周末 site:www.bio-info-trainee.com”，前两条是准备工作相关的博客，查漏补缺。
- 下载安装软件过程中如果有问题，可以看b站视频
生信分析入门环境搭建：https://www.bilibili.com/video/BV1cJ411e7UH
2 准备工作：学会markdown
写代码相关笔记的时候，需要学会用markdown语法。以下又是一段Jimmy老师的指示：
一般来说做笔记分享，需要用markdown语法，不熟悉的人可能会害怕，但是一旦你花15分钟了解了它，你会爱上写作，相信我。
小技巧的第二节我讲的就是markdown：https://www.bilibili.com/video/av25131640
学习markdown 可以先看看 基础语法：https://mp.weixin.qq.com/s/hZj91FWIaw4cS39_jgjl7g
学习编辑器，推荐typora：https://vip.biotrainee.com/d/82-typora-markdown/10
最后是关于记笔记： https://vip.biotrainee.com/d/268
markdown效果如下：https://raw.githubusercontent.com/jmzeng1314/my_WGCNA/master/readme.md
https://github.com/jmzeng1314/my_WGCNA/blob/master/readme.md
类似于上面这样的，就是markdown
其实还有rmarkdown更方便，参考我在腾讯课堂的免费视频： https://ke.qq.com/course/274681?
我录制了gif动画，如何使用typora软件来写markdown格式的图文并茂的文献速递笔记，需要你花几分钟仔细学习一下，https://share.weiyun.com/5ZlGRNB
关于笔记，我再补充一点：typora中如果直接插入图片，它会是一个本地链接，md文件发给其他人之后，别人是看不到的。传统的解决方案是使用图床，也就是给图片生成一个在线链接。但是现在我们开始用语雀了，它自带图床，免去了生成图片链接这一步，非常方便。所以，我一般在typora中先把文字部分码好，然后粘贴到语雀，再把图片粘贴到语雀的笔记中；或者直接从一开始就在语雀中写笔记。（强烈推荐使用语雀来做笔记整理！）
3 R语言入门学习
以下是Jimmy老师给我的指示，请看完它，并根据自己的时间来做规划。（个人认为并不需要全部学完，因为这些是对学徒的要求，自学玩家可能时间比较少。我建议根据自己的科研方向来具体选择学习的知识点。）
准备工作第二步：
完我的B站教学视频：https://www.bilibili.com/video/av25643438
有能力这持续注释R语言实战书籍附件代码 : https://github.com/biotrainee/RiA2
作业的话最低要求 10 个题目，自主完成，并且提炼知识点 http://www.bio-info-trainee.com/3750.html
中等要求是完成20题： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html
安装100个以上的R包，代码在：http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 并且查看有哪些R包
我的周末班培训讲义：文档链接：https://mubu.com/doc/HGT7XBmgg 密码：muwu
生信基石之R语言
B站的10个小时教学视频务必看完，参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili
初级10 个题目：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html
中级要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html
高级要求是完成20题： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html
统计专题 30题：http://www.bio-info-trainee.com/4385.html
可视化专题30题：http://www.bio-info-trainee.com/4387.html（上面这两段指示其实是互相有重复的，我都贴过来了以防遗漏）
如果乐意分享的话，可以把自己的练习题做法发到简书上，具体见
周末培训班练习题汇总及作业笔记提交规范：http://www.bio-info-trainee.com/4114.html
入门了R语言以后，可以选择的下一步方向很多，比如入门Linux、学习转录组下游标准分析、入门R语言绘图、学习R语言公共数据挖掘等等，我们以后再更新相应的入门路线。
（未完待续……）
