学习小组Day3笔记--快乐小胡
1.如何下载miniconda（mac电脑为例）
1）登陆网站
进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
2）查看服务器类型
进入终端，登陆服务器，输入命令 uname -a (注意-前有个空格）
#查看服务器是多少位的
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-10-ubuntu 4.15.0-54-generic #58-Ubuntu SMP Mon Jun 24 10:55:24 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
3)选择合适的版本
在网站上根据自己的服务器类型选择合适的版本（当然，latest最新的一定是要有的啦！）
4）右键复制下载链接
5）在服务器里正式下载安装
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir biosoft #新建一个biosoft目录存放生信软件
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft #回到biosoft这个目录里面去
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #wget语句后面粘贴上之前复制的链接，然后开始下载
--2020-06-17 23:45:18-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 85055499 (81M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh.1’
Miniconda3-latest-L 100%[===================>] 81.12M 3.94MB/s in 20s
2020-06-17 23:45:38 (4.13 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh.1’ saved [85055499/85055499]
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #开始安装啦，接下来有enter的选择enter，有yes的选择yes，直到看到thank you for installing miniconda3，就成功了
Welcome to Miniconda3 4.8.2
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
===================================
End User License Agreement - Anaconda Individual Edition
===================================
source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
如果报错，说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令
2.conda的使用方法
2.1 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
2.2 搜索conda软件 conda search fastqc #fastqc是数据质控软件（一个例子）
2.3 安装软件 conda install fastqc -y （-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）
conda install fastqc=0.11.7 -y （也可以精准下载某个版本好的软件）
2.4 卸载软件 conda remove fastqc -y
3.添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。(直接复制粘贴回车）
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
4conda环境
为什么需要conda环境？
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，所想的方法就是设定不同的“环境”，按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
如何使用
4.1先查看当前conda有哪些环境
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio04/miniconda3
rna-seq /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
#(前面带*的就是默认的)
4.2 建立一个名叫rnaseq的conda信环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
4.3再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
4.4激活新的conda环境
conda activate rna-seq ，这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base /home/bio04/miniconda3
rna-seq * /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
4.5推出当前的环境，运行conda deactivate，就回到了以前的环境
(rna-seq) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio04/miniconda3
rna-seq /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
(以上学习内容来自微信公众号——生信星球）
