如何获取权限并下载受保护的SRA数据
2019-11-09 本文已影响0人
落寞的橙子
有很多数据需要申请下载权限然后才能下载
1、申请权限
申请权限后按照官网要求把key和下载路径设置好，具体方法官网说的很清楚。
主要使用vdb-config -i进行设置。
2、使用 sratoolkit 的prefetch下载
下载方式教程很多，注意要cd 设置路径到上述设置到目录中然后下载
教程一
教程二
教程三
我的一个例子：
#!/bin/bash
#SBATCH --time=40:00:00
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --mem=5g
#SBATCH --job-name="download"
ml sratoolkit
prefetch --option-file list.tsv \
-q --ascp-options "-T -k 2 -l 400M"
