查看几个KEGG的通路的overlap情况

发现自己的基因集使用KEGG数据库进行分析的时候，很多免疫相关通路被富集，所以怀疑是不是这些免疫通路互相交叉很多，就试着探索一下，是一个蛮好的练习题：

这里举个例子，需要探索的通路如下：

       from                                        to
307 hsa04650 Natural killer cell mediated cytotoxicity
308 hsa04657                   IL-17 signaling pathway
309 hsa04658          Th1 and Th2 cell differentiation
310 hsa04659                 Th17 cell differentiation
311 hsa04660         T cell receptor signaling pathway
312 hsa04662         B cell receptor signaling pathway

我本来准备用KEGG.db想起来它有点老旧，又准备用KEGGREST，毕竟之前生信技能树写过这个教程，但是正好在跟Y叔聊天，就用它的包吧！

代码如下，很简单。

library(clusterProfiler)
# https://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+hsa05169
# library(KEGG.db) library(KEGGREST)

kg=download_KEGG('hsa')
head(kg[[1]])
head(kg[[2]])
ps=c('hsa04660','hsa04659',
     'hsa04658','hsa04657','hsa04662',
     'hsa04650')
kg[[2]][kg[[2]][,1] %in% ps,]
library(UpSetR)
allgs=unique(kg[[1]][kg[[1]][,1] %in% ps,2])
u=do.call(cbind,lapply(ps, function(x){
  as.numeric(allgs %in% kg[[1]][kg[[1]][,1]==x,2]) 
}))
u=as.data.frame(u)
rownames(u)=as.character(allgs)
colnames(u)=kg[[2]][kg[[2]][,1] %in% ps,2]
upset(u)

出图如下；

image

可以看到这些不同的免疫通路互相交叉并没有我想象的那么多。