转录因子的富集分析

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我们平时最常用的富集分析方法就是Over-Represence Analysis(ORA)，本质上是一次不放回抽样的概率事件。在这里首推CJ大神写的推文：GO富集分析 从原理到实践 ~ 零基础掌握。大家可以自行阅读，熟悉一下富集分析的原理。

转录因子的富集分析

当你了解了富集分析背后的原理后，你就能明白：所谓转录因子富集分析，就是以全基因组各个家族的转录因子为背景，通过比较给定的基因中各个家族的转录因子的数量及比例来计算其显著性。为了达到这一目的，我们需要做的无非是三件事：

• 准备包含待研究物种的基因组内所有转录因子的文件；
• 准备个记录转录因子基因ID和家族的对应关系的文件；
• 准备待分析的转录因子的基因ID列表；