starBase
2020-04-30 本文已影响0人
猪莎爱学习
Starbase:http://starbase.sysu.edu.cn/
举个例子
image.png
以hsa_circ_0002003为例
图示是hsa_circ_0001946
然后点击Excel导出结果：
image.png
保存circRNA-miRNA的结果，另存为一个Excel sheet1并导入Access中重命名为circRNA
Access本尊
然后通过Access数据库构建网络：先导入从Starbase数据库中下载的所有miRNA-mRNA对应关系
自己准备
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第1步
第2步
第3步
将上一步保存的查询1再重新导入到Access并重命名为mRNA
mRNA
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通过上面这个结果，我们可以认为前15个靶基因可能就是该circRNA的内源性竞争性RNA，因为他们彼此共享这么多miRNA,下面就通过这15个基因构建下一步的ceRNA调控网络（当然多选几个也是可以的，示例就只挑这15个）
在mRNA表格中找出之前挑出来的15个基因名对应的miRNA:
创建-查询设计-运行
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得到的表查询1如下：
第1列对应的是miR
第2列对应的是之前挑出来的10个基因名
image.png
将上面表格中的结果都粘贴到最开始的sheet1中，那么第1列都是miRNA
image.png
然后创建Cytoscape的输入文件：
image.png
构建如下
以上所有需要的文件列表如下：
image.png
