Differential exon usage和DEXSeq
2019-10-08 本文已影响0人
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DEXSeq包是用来分析RNA-seq实验数据中exon usage的差异，这里exon usage的差异指的是由于实验条件导致的相对不同的exon usage。
DEU（By differential exon usage）定义如下：针对每个样本的外显子（或部分外显子），我们对比对到该外显子的read数和比对到同一基因（包含多个转录本）其他外显子的read数，然后计算这两个统计数的比值，最后根据不同实验条件下的比值变化情况，推导出相对的exon usage改变。
对于基因内的一个外显子，该exon usage同步于该exon被剪接到转录组（可变剪接）的比例，它也包含了发生在转录本5 ‘端和3’端的可导致转录本边界的差异性的exon usage的可变剪接。
因此，DEU（By differential exon usage）相比于可变剪接更直观。
转载 http://www.biotrainee.com/thread-1220-1-1.html （DEXSeq使用说明）
