PyPore: Nanopore 测序数据处理工具
2019-07-08 本文已影响5人
植物基因组
Oxford Nanopore 测序通量已经提高到了 10-20 Gb，每次可以产生数百万的 reads。这些产生的数据是以 FAST5 格式保存。FAST5 是 HDF5 格式的一个变种。但目前能直接处理这种数据格式并辅助下游分析的软件还比较少。2019 年 4 月 16 日，Bioinformatics 杂志发表了意大利的学者完成的题为“PyPore: a python toolbox for nanopore sequencing data handling”的论文，介绍了 Nanopore 测序数据处理工具 PyPore，这个软件可以生成信息丰富、交互式的图表，对于快速评价实验质量具有重要价值。
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PyPore 包含三个工作模块。第一个模块读取 FAST5 文件中的信息并总结成信息丰富的质量参数图表；第二个模块把原始数据转换为 FASTQ 格式；第三个模块利用最先进的比对工具把测序数据比对到参考基因组上，并收集比对的统计信息。
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PyPore 利用 Python 2.7 写作的，源代码地址为：https://github.com/rsemeraro/PyPore
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PyPore 的第一个模块为 seqstats，基本用法为：
输出结果类似如下示例：
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PyPore 的第二个模块为 fastqgen，基本用法为：
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PyPore 的第三个模块为 alignment，基本用法为：
生成的统计交互图类似如下示例：
