基序（motif）

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在科学文献和研究中，"motif"一词通常用来描述一个在生物学序列中重复出现的模式或结构。在分子生物学中，这可以是一个核苷酸序列（在DNA或RNA中）或一个氨基酸序列（在蛋白质中）。这些序列motif在蛋白质或核酸的功能、结构或调控中起着关键作用。

motif中文译成模体或基序等，它在蛋白质结构方面的含义与超二级结构非常相似，也有人认为二者完全相同。不过motif一般指蛋白质种常见的结构元件，而且从功能角度考虑较多，所以并不局限于二级结构组合。例如，在细胞粘附过程中发挥重要作用的RGD motif，就仅仅由Arg-Gly-Asp三肽构成。这个模体已经在多种蛋白中发现，而且至少有8种整联蛋白超家族成员识别这个三肽序列。

基序（motif）的特点包括：

1. 保守性：在进化过程中，motif通常在不同物种中保持高度保守，这表明它们在生物学功能上具有重要性。

2. 功能性：许多motif与特定的生物学功能相关联，如DNA结合、酶活性或蛋白质-蛋白质相互作用。

3. 特异性：某些motif可能与特定的蛋白质家族或生物学过程相关，提供了一种识别和分类这些分子的方法。

4. 结构性：在蛋白质中，motif可以形成特定的三维结构，这对于其功能至关重要。

在科学文献中描述一个motif时，通常会使用精确和严谨的语言来确保信息的准确传达。例如，一个DNA结合蛋白的锌指结构域（zinc finger domain）可以被描述为：

"The zinc finger motif is a conserved DNA-binding protein motif characterized by a specific arrangement of cysteine and histidine residues that coordinate a zinc ion, forming a structural framework that facilitates sequence-specific recognition of DNA targets."

在这个例子中，"conserved"强调了motif在不同物种中的保守性，"specific arrangement"和"sequence-specific recognition"则突出了其结构和功能上的特异性。使用这种严谨的表述有助于确保科学信息的精确性和可靠性。

参考
蛋白质的二级结构、超二级结构与模体（motif） - 知乎 (zhihu.com)