LD衰减距离--haploview

可以使用haploview进行计算LD衰减值和画单倍型块图块，这个软件可以输入多种不同的文件格式：Linkage Format、Phased Haplotypes、HapMap Project Data Dumps、PHASE Format、Marker Information File、PLINK Format、Batch Load File。

wget -c https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Haploview.jar  #下载包是Java包，不用安装直接调用就可以了
wget -c https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Samples.zip  #下载练习文件
unzip Samples.zip  #解压缩
java -jar Haploview.jar -h  #查看帮助文档
java -jar Haploview.jar -n -q -log sample.log -pedfile sample.ped -info sample.info -skipcheck -blockoutput GAB -png -check -mendel -dprime -compressedpng  #运行程序

haplotype block

参考：
计算LD decay(LD衰减)
关联分析LD计算的问题
重测序SCI标配——LD衰减图解读
群体遗传分析—LD连锁不平衡
ld衰减图制作工具