用uniq -c 获得的每个字符串的个数的一列该如何提取

2021-10-25  本文已影响0人  宗肃書

以snpeff注释过的vcf文件为例,我需要提取每个snp注释的类型并把这些类型排序计数,然后得到每个类型的个数
思路都在下面这条命令里面

cat BC.zk.snpeff.vcf|grep -v "#"|cut -f8 |tr "|" "\t"|tr "&" "\t"|cut -f2|sort|uniq -c|tr " " "\n"|grep -E '[0-9]$'   
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