用uniq -c 获得的每个字符串的个数的一列该如何提取
2021-10-25 本文已影响0人
宗肃書
以snpeff注释过的vcf文件为例,我需要提取每个snp注释的类型并把这些类型排序计数,然后得到每个类型的个数
思路都在下面这条命令里面
cat BC.zk.snpeff.vcf|grep -v "#"|cut -f8 |tr "|" "\t"|tr "&" "\t"|cut -f2|sort|uniq -c|tr " " "\n"|grep -E '[0-9]$'
以snpeff注释过的vcf文件为例,我需要提取每个snp注释的类型并把这些类型排序计数,然后得到每个类型的个数
思路都在下面这条命令里面
cat BC.zk.snpeff.vcf|grep -v "#"|cut -f8 |tr "|" "\t"|tr "&" "\t"|cut -f2|sort|uniq -c|tr " " "\n"|grep -E '[0-9]$'