2022-04-14在超算上运行metawrap

1.先从服务器上打包压缩下载spades-isolate、metawrap-env、vamb、groopm四个程序

2.超算上安装anaconda

3.将下载的程序上传到超算的conda的envs内，解压缩

4.metawrap 的运行

组装：

spades.py -t cpu数量 -m 内存 --meta -1 read1 -2 read2 -k 21,33,55,97

分箱（运行时注意修改python的运行路径）

nohup srun -p Long -N 1 -n 1 --exclusive -t 3-00:00:00 metawrap binning -a ../assemble/G-0.5-1-1/scaffolds.fasta -o ../binning/G-0.5-1-1 -t 30 -m 380 -l 1500 -c 2000 -T /work/wangmx04/tmp --metabat2 --maxbin2 --concoct --groopm G-0.5-1-10.filtered.fq1.gz G-0.5-1-10.filtered.fq2.gz G-0.5-1-1.filtered.fq1.gz G-0.5-1-1.filtered.fq2.gz G-0.5-1-3.filtered.fq1.gz G-0.5-1-3.filtered.fq2.gz G-10-12-1.filtered.fq1.gz G-10-12-1.filtered.fq2.gz G-10-12-2.filtered.fq1.gz G-10-12-2.filtered.fq2.gz G-1-2-1.filtered.fq1.gz G-1-2-1.filtered.fq2.gz G-1-2-2.filtered.fq1.gz G-1-2-2.filtered.fq2.gz G-2-4-11.filtered.fq1.gz G-2-4-11.filtered.fq2.gz G-2-4-1.filtered.fq1.gz G-2-4-1.filtered.fq2.gz G-4-6-1.filtered.fq1.gz G-4-6-1.filtered.fq2.gz G-4-6-2.filtered.fq1.gz G-4-6-2.filtered.fq2.gz G-6-9-1.filtered.fq1.gz G-6-9-1.filtered.fq2.gz G-6-9-3.filtered.fq1.gz G-6-9-3.filtered.fq2.gz >> G-0.5-1-1.log &

提纯（需要两次提纯）：

-A -B -C分别指派不同binning程序的结果文件，第二次提纯之前千万记得修改第一次提纯后的结果文件夹的名字

nohup srun -p High -N 1 -n 1 --exclusive -t 2-00:00:00 metawrap bin_refinement -t 30 -m 180 -o ./G-2-4-4_refine2 -c 70 -x 50 -A G*refine/step1 -B metabat2_bins/ >> G-2-4-4_refine2.log &

运行checkm

nohup srun -p Long -N 1 -n 1 --exclusive -t 3-00:00:00 checkm lineage_wf ../bins_all/ ../checkm_res -t 30 --pplacer_threads 10 -x fa &

5. 合并成泛基因组