linux环境下的软件安装---miniconda

1. conda

conda分为anaconda和miniconda两种。anaconda是包含一些常用包的版本；miniconda则是精简版，需要啥装啥，推荐用miniconda。

2. miniconda的下载/安装/激活

2.1 下载

• 登录服务器并查看版本，输入uname -a

• 搜索清华的conda镜像网站：“miniconda 清华”,选择64-bit（x86_64），安装最新版本（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）

• 新建目录 mkdir biosoft， 将其下载到biosoft里

mkdir biosoft
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.2 安装

• 在biosoft目录下，输入命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，enter即可。
• 中间多步enter，下面两个地方（>>>）均输入yes。
  1yes
  2yes
• 出现Thank you for installing Miniconda3!，即安装成功
  2yes 处，输入yes，后续才能激活成功
• 如果安装失败，则在主目录下，删除miniconda3目录，执行命令rm_r miniconda3,再进入biosoft目录，重新安装。

2.3 激活

先回到主目录下，输入source ~/.bashrc,enter后激活，再输入conda,查看激活成功与否。如出现下图则成功。

image.png

上述步骤可以参考链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k

3. 添加镜像

直接复制下面代码，粘贴（单击右键）、回车

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

4 conda的使用

command

• 查看所有软件列表： conda list
• 搜索软件：conda search fastqc（以fastqc为例）
• 安装软件：conda install fastqc -y
  （-y，是自动安装，不指定版本则默认最新的；想要指定版本fastqc=0.11.8）
• 卸载软件：conda remove fastqc -y

5 conda环境

5.1 含义

conda env, 来自微信公众号生信星球

5.2 创建环境

• 查看当前环境：conda info --envs
• 创建新环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
  （+ 再查看当前环境：conda info --envs，发现多了一个环境，但默认环境还是base（即*处））
• 激活新环境：conda activate rna-seq，再查看时，即发现*处于rna-seq的新环境处。
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结语

今日学习和认识了conda，离生信分析又近了一步，继续加油。