1.一、二、三代测序

2019.9.17

1. 写文章要认真，符合逻辑。

2. 人的碱基（bp）有30亿个，大概1000个bp中有1个不同，这1个不同称为SNP（single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性位点），SNP也是标记，比PCR更准确。

1000bp=1kb

1000kb=1Mb

1000Mb=1Gb

1Gb=10亿bp

3. 测序，人的测序花了10年左右。

    桑格测序：测序读长可达1000bp，准确性高达99.999%，但其测序成本高，通量低等方面的缺点，严重影响了其真正大规模的应用。

    二代测序：大大降低了测序成本，还大幅提高了测序速度，并且保持了高准确性（99%或99.99%），以前完成一个人类基因组的测序需要3年时间，而使用二代测序技术则仅仅需要1周，但在序列读长方面比起第一代测序技术则要短很多。

    三代测序：高平均读长，比第一代的测序时间降低；不需要扩增；最长单个读长接近3000个碱基。但准确性低（81-83%）；DNA聚合酶在阵列中降解；总体上每个碱基测序成本高（仪器昂贵）。

4. 测序价格（如杨树全基因组、转录组）几百元。

5. 全基因组关联分析（Genome wide association study，GWAS）、隐马尔科夫模型还不懂。