sam到bam

格式转换：

for i in `cat list.txt`
do
echo "$i" q20....
samtools view -bS -@ 20 -F4 -q 20 -h "$i".sam > "$i".q20.bam
echo "$i" sort....
samtools sort -@ 20 -m 3G "$i".q20.bam -o "$i".sorted.bam
echo "$i" uniq....
java -jar /home/shen/biosoft/picard.jar MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES=true I="$i".sorted.bam O="$i".uniq.bam M=picard."$i".txt
done

第一步：
过滤<20的低质量mapping，提取mapped，即uniq
第二步：
进行sort
第三步：
picard去重

image.png
ref:关于uniq
ref2：wiki-如何去除multiple-mapping