生信小白入门必看网站！常用数据库分享

新手上路，如何快速了解自己课题，含有DNA、RNA序列等信息的核酸数据库肯定是需要了解滴。今天分享一部分大家会比较常用到的，可结合自己的研究背景挑选使用，主要是应用在组学研究or基因功能研究中。

1、由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）开发维护，隶属美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）。

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数据库链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2、phytozome基因组文件下载网站

需要提前注册，才能下载基因组文件使用，注册免费，流程非常简单，可以直接点网站的右上角Login找到注册位置即可。

注册网站：https://contacts.jgi.doe.gov/registration/new?_gl=19odg16_gaMTQ3NDcxNzMxMC4xNjgxNzQ4NTY0_ga_YBLMHYR3C2*MTY4NzQzMTY4MC40LjAuMTY4NzQzMTY4MC4wLjAuMA..

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输入Arabidopsis thaliana 查找拟南芥基因组信息

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根据需要下载自己需要的信息，gff3、pep、cds文件。

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网站：https://phytozome-next.jgi.doe.gov/
3、pfam文件下载，以PF03106（WRKY）为例

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点generate得到PF03106_seed.txt的pfam文件

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可以进一步利用hmmer构建隐马尔可夫模型(Hidden Markov model, HMM)，代码如下：

hmmbuild WRKY.hmm PF03106_seed.txt

4、psRNATarget，寻找miRNA目的靶基因

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等待几分钟即可

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网站：https://www.zhaolab.org/psRNATarget/

5、启动子上游转录因子查找Promoter Analysis

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网站：http://plantpan.itps.ncku.edu.tw/promoter.php

6、planttfdb植物转录因子数据库

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收录了156个物种的转录因子数据库数据

TF list, CDS and Protein sequences for 156 species (157 organisms)

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网站：http://planttfdb.gao-lab.org/download.php

7、分子育种数据查询工具Molecular Breeding

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网站：https://www.mbkbase.org/
今天就先给大家介绍到这里，希望大家的科研能有所帮助！祝您科研顺利快乐！
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