学习小组的最后一天，舍不得，意犹未尽

测序

今日学习了啥

到底啥是测序：测序--核酸DNA分子一级结构的测定。

1.怎么区分一二三代测序
2.二代测序大体流程
3.NGS组学都包括哪些分类（粗略）

强烈记录星球推荐的学习链接和资料

1.二代测序原理介绍视频：https://share.weiyun.com/5qojuBY 密码：bxsry4
2.文章《测序的世界》：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2 怎么会有这么详细清楚的解释，咋讲的这么通俗易懂呢，优秀，感谢小泽
3.如果还是看不懂，那么请：搜狗微信—搜索“测序原理” ，公众号一般解释的比较清楚。

1.测序的世界

第一代DNA测序技术：桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准，目前一代测序在验证序列（就是平时送公司测序返回来自己blast的那些）以及验证基因组组装完整性方面都是金标准。通量低，成本高，一代最长能测1000bp，再多了就要重头开始一遍导致成本高；另外它一次只测一条，也就是所谓的通量低。准确性高达99.999%。
第二代DNA测序技术(next generation sequencing，NGS)-循环阵列合成测序法。
主要平台有：
　　1.罗氏454公司的GS FLX sequencer
　　2.Illumina solexa genome analyzer
　　3.ABI公司的SOLiD sequencer
　　二代测序大幅度提高了测序速度，降低了测序成本（下图），保持了高准确性。缺点是读长短，拼接困难，pcr技术增加了测序的错误率。
第三代测序技术以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术为标志：不需要经过PCR扩增，超长读长，可达二代测序的100倍以上，实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高，达到10-15%。

一、二、三代基因测序技术各项参数对比

2.组学

1.基因组学（核酸序列分析）
（1）全基因组测序（WGS）
（2）全外显子组测序（WES）
（3）简化基因组测序（RRGS）
①RAD-Seq
②GBS
③2bRAD
④ddGBS（也就是ddRAD）
作用：
（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）
（2）核苷酸序列分析
（3）基因定位
（4）基因功能分析
其它：
以全基因组测序为目标的结构基因组学
以基因功能鉴定为目标的功能基因组学
2.转录组学（基因表达分析）
（1）mRNA-Seq
（2）IncRNA-Seq（长链非编码RNA）
（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）
作用：
（1）获得物种或者组织的转录本信息
（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等
（3）发现新的基因
（4）基因结构优化
（5）发现可变剪切
（6）发现基因融合
（7）基因表达差异分析

sRNA
3.蛋白质组学
（1）蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
（2）构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
（3）蛋白质结构功能预测 （4）蛋白质连锁图
4.代谢组
（1）代谢物指纹分析
（2）代谢轮廓分析

其他相关资料（真好真入门）----由生信星球提供链接：

（1）测序技术原理及常用数据格式简介
（2）DNA 测序技术的发展：第三代测序法
（3）测序发展史：150年的风雨历程
（4） 搜索：【陈巍学基因】视频1 （本视频介绍Illumina测序的化学原理，包括：建库、桥式PCR、边合成边测序、双端测序、Index序列。）Illumina测序化学原理

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