基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析（

上几期文章中，小编给大家介绍了基于MS强度或计数的数据依赖法，本期开始，小编给大家介绍的是基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。

在基于肽的非标记定量蛋白质组实验中，提高分析的精确性已经成为一种趋势，诸如“检测限”和“定量限”等术语现在已被广泛使用。MS/MS定量方法（如选择性反应监测（SRM）提供的数据比直接的母体离子测量具有更高的特异性和选择性。此外，用于药物分析的数据处理技术使得基于质谱的定量领域具有更高的严谨性。

SRM是最常用的基于MS/MS的定量方法，（图例），该方法通常用于制药行业中对多种化合物（包括肽）的分析和研究。如图 所示，SRM一般在三重四极杆仪器中进行，其中母体分子的分离和片段化、碎片离子的分离在最后的四级体中进行，与基于MS1的方法相比，该技术具有更高的选择性。

分析仪能够以每秒1000次的顺序重复这些测量过程，从而可以分析大量的跃迁（图例）。

图例. SRM测量示意图。目标母体离子在第一个四极体中分离，质量分辨率一般是0.5-0.7amu。离子被传送到碰撞池，在那里它们经历碰撞诱导分离，碎片离子被传送到第三个四极体，这也是在质量选择模式下以0.5-0.7amu的分辨率进行的。这使得特定片段离子得以传输，作为单离子强度测量的检测。

严格意义上讲，我们通常并不认为SRM法是数据非依赖性的，而通常称之为“目标”法，因为在实验开始时必须预先定义目标化合物的列表。定向SRM分析需要测出肽片段的信息，最好还得有LC保留时间。样品中化合物碎片的信息用于定义方法，这需要一定程度的迭代来生成最高质量的定量数据。无论在什么情况下，SRM都从背景噪声或真实信号中获取数据，无论是否检测到母体离子，也不管是否导出信号。与基于DDA的检测方法（检测是半随机的）相比，SRM能够在检测下限对化合物进行无偏测量（因为它对肽/蛋白质进行的是恒定测量），从而确保消除任何随机效应。这使得SRM测量能够达到所接受的精度水平，并可用于生物分析实验室对生物分子进行分析。

文献参考：Stephen Tate. et al, Label-free quantitative proteomics trends for protein-protein interactions, Journal of Proteomics, 2013.

本文由百泰派克生物科技整理编辑。百泰派克生物科技专注于基于质谱的蛋白质组学服务，结合亲和纯化与Label-free、SILAC或SWATH定量技术，百泰派克生物科技开发了一系列蛋白质组研究策略，其灵敏度高、重复性好，非常适合蛋白质相互作用的研究。