Linux系统及服务器

2022-03-02 本文已影响0人 Ashu

学会Linux的一些操作，以及借用服务器（快速处理一些内存大的数据），进行以后的生信分析（如转录组上游分析）。
有的人问：学了R语言为什么还要学Linux，Linux处理大数据速度快，一般用R语言处理数据，都用Rstudio，Rstudio是图形界面，处理大数据会慢些，有时候很烧电脑。还有测试公司给的原始表达矩阵，做下游分析有疑惑，自己会Linux，可以进行上数据分析验证多好。

1.Linux入门前准备：

Windows系统需要安装的软件：Xshell、Xftp、Sublime、Typora

课件图

Mac系统需要安装的软件：Termius、FileZilla、Sublime、Typora

课件图

需要注意的地方，下载软件一定要根据自己的电脑系统来下载对应的版本

如下载subline，官网https://www.sublimetext.com/

下载适合自己电脑版本的软件

2.Linux系统简介

2.1什么是操作系统

就是管理和控制计算机硬件和软件资源的最基本的计算机程序，任何应用程序都必须基于操作系统的支持才能运行。常用的三大操作系统:Windows，MacOS，Linux。

2.2发行版本（作为简单了解，不做详细笔记）

Red Hat系的CentOS，Debian系的Ubuntu

我们属于普通用户，不用区别两种系统，只有管理员才比较区别。

3.服务器

服务器本质上就是一台电脑，大多数服务器安装的系统是 Linux系统。处理大型数 据时就需要配置较高的服务器，比如生物信息学中的 NGS 组学测序数据上游处理就需要服务器。通常我们使用服务器是命令行远程访问而不是桌面操作。Linux 服 务器的优点在于允许多用户同时访问。

登录方式为：ssh 用户名@ip地址

登录服务器:两种方法：命令行法和填表法

登录服务器第一种方法：命令行法

Windows：使用Xshell，需要下载和安装Xshell，才能输入命令行

windows用户登录服务器-课件图

MacOS：用终端/Terminal-- 系统自带，或是下载ITerm2

Mac用户登录服务器-课件图

ssh 用户名@IP地址【端口号】#端口一般不用管，默认是22

Windows登录服务器注意细节：

ssh是登录命令，是后面有空格，其它细节参加培训或是自行网上搜索

MacOS登录服务器注意细节:

MacOS 终端 terminal：先设置，防掉线，设置之后再登录服务器

#按return
#复制以下整句代码：
Host *
    ServerAliveInterval 120
    TCPKeepAlive no
#按control C退出
##注意不是按command C

登录服务器第二种方法：填表法

Windows和MacOS不一样，参照课件或是网页搜索（我习惯用第一种命令行登录法，在这里不展开细讲）

服务器掉线因为网络连接异常，按一下键盘的上箭头，调到跳到上一句命令，以便检查。

退出服务器登录，输入：exit

以上两种（命令行法和填表法）登录服务器的方法，选一种就可以，我只认真学第一种，第二种没有做笔记，需要时，我再去翻阅课件或是查资料。

注意：登录服务器时，认真检查IP地址，严格区分用户名字母大小写。

修改命令行配色：运行下面代码 Linux基础.md里的代码，配色的目的是方便检查执行命令的结果。

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc

source  ~/.bashrc

没有配色前

如果以后用到grep命令查找关键词，方便观察输出结果

修改配色后

4.电脑本地和服务器之间文件传输（上传或是下载）

主要是实现文件在服务器和本地之间的转存，比如在服务器上处理大数据分析得到的结果，需要可视化，或是保存到电脑的磁盘里，需要通过文件传输媒介。

**Windows文件传输，在 Xshell 中点击图标打开 Xftp

图片来自生信技能树自小郭老师的课件

<figcaption style="margin-top: 5px; text-align: center; color: rgb(136, 136, 136); font-size: 14px;">图片来自生信技能树自小郭老师的课件</figcaption>

Mac文件传输，用FileZilla

图片来自生信技能树自小郭老师的课件

成功登录FileZilla，并查看结构

成功登录录FileZilla

通过FileZilla传输文件到服务器里：直接拖动文件就好，拖动文件后，用ls检测是否拖动成功

ls
#看到Data.tar.gz 文件后，输入以下命令进行解压(以下文件为生信技能树提供的)
tar -zxvf Data.tar.gz 
#tar -zxvf是解压命令
ls
#看到Data说明解压成功

5.学习小结：

（1）简单了解Linux及其系统。

（2）根据自己的电脑系统下载和安装相对应的软件版本。

（3）登录服务器，修改配色（以后方便检查代码或是输出结果）。

（4）学会本地和服务器之间的文件传输（传输可以理解为上传和下载）。

（5）在linux使用查看命令ls，以及解压命令tar -zxvf。

我自己购买一年的服务器账号：https://mp.weixin.qq.com/s/lWc_ElJyHjOSLV-Nk1MnKw

说明

以上内容是参加生信技能树课程，从小郭老师的课件内容摘抄以及做的笔记：