这篇文章我们将讲述

1. 如何简单比较两组或多组的平均值
2. 如何自动化为ggplot添加p值和显著性标记，包括箱线图、点图、条形图、线图等等

准备

安装和导入所需要的R包

需要R包ggpubr，版本>0.1.3，该包提供了基于ggplot2包的论文发表级绘图。

• 从CRAN安装：

install.packages("ggpubr")

• 或者从GitHub上下载最新的开发版本：

if(!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("kassambara/ggpubr")

• 载入ggpubr：

library(ggpubr)
## 载入需要的程辑包：ggplot2
## 载入需要的程辑包：magrittr

ggpubr的官方文档在http://www.sthda.com/english/rpkgs/ggpubr

样例数据集

数据：ToothGrowth数据集

data("ToothGrowth")
head(ToothGrowth)
##    len supp dose
## 1  4.2   VC  0.5
## 2 11.5   VC  0.5
## 3  7.3   VC  0.5
## 4  5.8   VC  0.5
## 5  6.4   VC  0.5
## 6 10.0   VC  0.5

比较均值的方法

http://www.sthda.com/english/wiki/comparing-means-in-r包含了均值方法比较的详细描述，这里我们汇总常见的均值比较方法：

方法	R 函数	描述
T检验	t.test()	比较两组 (参数)
Wilcoxon检验	wilcox.test()	比较两组 (非参数)
ANOVA	aov() or anova()	比较多组 (参数)
Kruskal-Wallis	kruskal.test()	比较多组 (非参数)