hisat2构建基因组index
2018-11-07 本文已影响77人
苏牧传媒
选用：gencode的GRCm38.fasta和gtf
第一步：转录本的index：
extract_exons.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.exon
extract_splice_sites.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.ss
hisat2-build -p 20 GRCm38.chr.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran
第二步：基因组的index：
hisat2-build -p 20 genome.fa genome
