cMAP新版clue的使用——Touchstone
2020-05-30 本文已影响0人
Clariom
之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析——旧版build2的使用 那期已经讲解过，今天就来简单介绍下CLUE平台的使用！由于CLUE平台的功能很多，会分多期讲解。上一期cMAP新版clue的使用——query已经简单介绍了query的操作方法，今天开始 Touchstone的介绍！
cMAP新版clue在线分析 ，网站：https://clue.io/。
clue的主工具区（Tools）
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今天主要介绍Touchstone，该工具主要用于探索分析数据库中的这些表达谱，它们的signature是什么？与其他表达谱之前的关系是怎样的？为了教程更有目的性，这里抛出这样一个问题——"探索metformin小分子与数据库表达谱的相似性？"。具体操作如下：
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首先，点击Tools—touchstone，进入如下界面，最左侧为筛选：1-Perturbagen Type（数据类型），小分子处理、敲除、过表达三种，共计8388条记录；2-Perturbational Classes（功能分类），将这8388条记录按照功能作用分成六大类。根据自己要探索的要求选择。
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2. 探索metformin小分子与数据库表达谱的相似性？首先在检索框内输入metformin，检索到该小分子记录，将其选中。
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- 然后点击HEAT MAP，到这个界面大家应该就比较熟悉了，就是常规cmap结果的热图展示形式。
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- 点击DETAILED LIST，结果界面如下，同样就是常规cmap结果的详细展示，解释上可参考query那篇教程。该结果反映的是metformin与touchstone数据库中收录共计8559条小分子记录之间的相似性。大家可以很明显的看到，排位第一，score值100的这条信息就是metformin自己，结果还是很准确的。这里可以设置score阈值，筛选出与metformin相似的小分子，或是相反的小分子。
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最终说明
touchstone该功能可以分析一个小分子与数据库表达谱的相似性，也可以同时进行多个小分子与数据库小分子的相似性，但上限50。这里我随机选择了10个小分子，如下图：
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点击DETAILED LIST，得到10个小分子与数据库表达谱的相似性结果。10个小分子想查看哪个选择哪个。
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点击HAET MAP，得到10个小分子结果的热图展示。
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最后，使用过程中有疑问的话，可直接参考帮助网页：https://clue.io/connectopedia/
往期回顾
Connectivity Map(cMap)的探索应用（一）
Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）
Connectivity Map(cMap)的探索应用（三）
今天的内容就到这里，更多内容可关注公共号“YJY技能修炼”~~~
