转录组学（Transcriptomics）

• 是一门在整体水平上研究细胞中基因转录情况及转录调控规律的学科
• 其研究对象是植物细胞在特定功能状态下转录出的所有RNA 的总和，包括多聚腺苷酸信使RNA（mRNA）、前体mRNA（pre-mRNA）和非编码RNA（noncoding RNA）
• 同时受到内源因子和外源因子调控是联系基因组遗传信息与功能蛋白质组的桥梁

代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）

• 是效仿基因组学、转录组学、蛋白质组学的研究思想而诞生的学科，该组学旨在反映某一生物体的组织或细胞内全部代谢物或某类代谢物的合成、分解和转化规律
• 代谢组检测涉及到的是分子量50-1500Da 的小分子代谢物，这些代谢物是基因转录以及蛋白修饰的最终产物，在细胞信号传递和能量传递等方面发挥了重要的调控作用，最能反映细胞在功能水平上的活动
  果实生长发育或响应外界胁迫时，内源因子或外源因子会诱导细胞信号转导，进一步调节相关基因的表达，经过转录后修饰、蛋白质翻译、翻译后修饰后，转录结果最终在代谢水平上呈现，这是一个涉及多代谢通路的复杂的调控过程，单从转录、翻译或代谢一方面研究都不能较完整地阐释其中的机理
• 不同组学分别由不同层面反映果树基因转录到代谢的情况，实现数据互补，更完整地理解果树的各种生理现象背后的调控过程。其中，代谢组学和转录组学关联分析，可实现时序表达的差异基因与差异代谢物的共表达分析，探究基因和代谢物间的因果关系，同时结合功能注释和代谢通路富集等生物功能分析，锁定重点代谢通路、关键基因和关键代谢物，系统解析果树调控机理和生物分子功能间的关联

1 基于双组学的果实品质形成和调控研究

花青素生物合成的转录调控一般由DNA 结合的R2R3-MYB 转录因子、MYC 碱性螺旋-环-螺旋（bHLH）蛋白和WD40 蛋白组成的复合体（MBW）负责，目前已在葡萄、苹果、梨和桃中鉴定出该复合体的MYB 成员

2 基于双组学的果实环境响应机制研究

• 果实生长、发育和成熟期间经历各种环境变化，环境因子的刺激会诱导果树植物体内的信号传递，改变果实细胞的转录调控，最终以改变代谢水平等方式实现果实对环境的响应
• CO2 作为气体环境因子可影响果实细胞能量代谢、乙醇积累和果胶代谢，改善果实的质地和贮藏品质

基于双组学的植物免疫互作机制研究