TCGA 数据库下载肿瘤样本病理切片FFPE（福尔马林固定石蜡包
2024年TCGA迎来改版，本文介绍的下载方式有一定变化。详见：https://mp.weixin.qq.com/s/q6XFdEBWRHDfIHi09suIFQ
数字病理图像分析需要高质量的输入图像。虽然癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）中有大量可用的图像，但目前数据门户中提供的是冷冻标本，这些标本不适合用于计算分析。本文讨论了如何下载与相应病人对应的福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded，FFPE）切片。
首先简要介绍，TCGA提供两种类型的切片：速冻切片和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）切片。速冻样本通常在手术中在冷冻实验室制备，以帮助外科医生判断肿瘤边缘是否清洁（即肿瘤是否已完全切除）。速冻是一个快速且“简单”的过程，但经常会损伤组织，使其呈现出类似瑞士奶酪的外观：
而FFPE切片是诊断医学的黄金标准，通过使用福尔马林固定标本，然后将其嵌入石蜡蜡块中切割制备而成。其外观更加清晰，更适合计算分析：
更全面的讨论可以在以下参考链接找到：
- http://www.andrewjanowczyk.com/download-tcga-digital-pathology-images-ffpe/
- https://www.biochain.com/blog/what-is-ffpe-tissue-and-what-are-its-uses/
TCGA提供了这两种类型的切片，因此在获取正确的队列时必须小心，不要混合队列，除非这是你的实验设计的特定部分。
通过查看特定的文件名，我们可以找到两者的区别，其中带有“TS#”或“BS#”的文件，#是一个整数，是冷冻切片，如下所示：
TCGA-CH-5765-11A-01-TS1.2a1faf76-526b-4581-b947-e8d733674df7.svs
而带有“DX#”的文件，#同样是一个整数，是FFPE切片：
TCGA-14-0786-01Z-00-DX2.9dd57cfe-f467-4796-a491-48b737a6248c.svs
为了执行下载，我们需要两个组件，（1）TCGA下载工具，和（2）一个清单文件，该文件使用精确的id号来指定下载哪些文件。
首先我们需要访问TCGA数据门户，位于此处：https://portal.gdc.cancer.gov
然后我们点击“Repository”：
接着点击“Data type”下的“slide image”：
然后点击“Experimental Strategy”下的“Diagnostic Slide”：
这会产生一个所有文件名中都有“DX#”字符串的幻灯片列表：
我们可以通过点击来限制特定的器官，例如 Case，然后是Breast：
现在我们有了我们希望下载的1,133个文件。我们通过点击“add all files to cart”来实现（或选择我们感兴趣的文件）：
最后，我们去Cart，选择download – > manifest:：
最后得到了了一个txt文件，我们可以将其提供给gdc-client进行下载：
gdc-client download -m gdc_manifest_20180801_125430.txt
