教程 | 做一个自己专属的本地 BLAST 数据库
写在前面
中秋和国庆期间,我总是要往返广州贵阳。工作在广州,家人在贵阳,于是多出了不少旅途时光。手机信号自然是没有,也常常是夜晚的航班。播客听多了,发现只能等着节目更新。来来去去,最后还是要闭眼思考。
- 活着,为了什么?
- 这个课题怎么做?那个课题怎么做?
- 有没有什么新课题想法?
- 是不是把一些想法给忘掉了
当然,常常有成果的,自然还是“TBtools的优化”。可能,这是比较简单的事情。
开发至今 6 年有余,最早期的功能包括 Fasta 序列提取 和 Blast 界面化。事实上,这些功能从当初开发到现在,几乎没有更新过。或许只能说,我写得挺好,功能挺稳健。不过,必须承认,有时候用起来还是不太方便,尤其是切换不同数据库比对,类似的工作不时重复。已有的界面如下:
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其他 Blast 界面化功能是类似的。我们完全可以想象得到,不够方便,尤其是当我们在本地做足够多的分析时。
于是,我们需要“革自己的命”,实现一些新的功能,从更高维度降低数据分析的繁杂程度。
Blast Zone 简介
经过简单的思索,在带娃的闲暇之余,我写了一个自认为还不错的新插件,命名为“Blast Zone”。查看这个功能,首先是更新 TBtools 到版本 v1.09866 或者更高版本(为了匹配这个功能更新,我跳过了 6 个版本号)。随后可以在熟悉的地方找到这个功能。
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点击即可查看
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一般来说,尤其是对于 Windows 用户(当然 Mac 也相同),建议首先点击
Config
摁钮,调整默认数据库放置的位置,以方便后续分析。
BLAST 数据库的添加与删除
添加数据库
开始建立一些数据库
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数据库建立完成可见
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类似的可以增加系列数据库
删除数据库
相比于添加数据库,删除数据库更为简单。只要选择指定数据库,点击 “-” 按钮即可。
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可以看到
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进行 BLAST 序列比对
“Blast Zone” 上开展 BLAST 分析,相比于 TBtools 中已有功能会更为方便。
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查看结果
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当然,也可以直接“Text View”。
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切换一个数据库比对,只需要鼠标点击选择另外一个数据库即可
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其他特性
当然,最重要的是,Blast Zone 的数据库可以随时“重用”。关闭 TBtools,重新开启,那么数据库列表跟前一次关闭时,保持一致。
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更有趣的地方,以后再说.....
写在最后
路漫漫,其修远兮~
一步一个脚印,做好自己即是一切。