什么是Immediate early genes（IEGs）
即刻早期基因（Immediate early genes ， IEGs）在受到各种各样的细胞刺激时，它们会短暂而迅速地被激活。它们代表了一种长期的反应机制，在任何新的蛋白质合成之前，在对刺激的第一轮反应中，在转录水平上被激活。因此，IEGs不同于“晚期反应”基因，后者只有在早期反应基因产物合成后才会被激活。因此，IEGs被称为“通往基因组反应的门户”。这些基因的激活不需要蛋白质的从头合成。代表基因有Fos, Zif268, Arc, Homer1a等。
留意到这一基因集的原因在读《癌生物学》第六章细胞内信号网络决定癌症的诸多特性时候它出现了，这些基因中的一些产物能够把细胞从静止的G0期唤醒，从而进入活跃期。作为单细胞爱好者，肯定要把这个词汇拿出来和single cell 一起检索一番的呀。
于是我们遇见了：
Sauvage M, Kitsukawa T, Atucha E. Single-cell memory trace imaging with immediate-early genes. J Neurosci Methods. 2019 Oct 1;326:108368. doi: 10.1016/j.jneumeth.2019.108368. Epub 2019 Jul 26. PMID: 31356836.
鉴于是不一篇高通量测序的文章，所以我们将关注点放在另一篇：
Single-Cell Transcriptomics Reveals thatDifferentiation and Spatial Signatures ShapeEpidermal and Hair Follicle Heterogeneity
当然这是一篇2016年的文章，当时的分析工具还没有现在这么方便，用的聚类方法是AP（ Affinity Propagation ）) clustering。
这篇文章中，作者对数据做了两次聚类，我们看到1st聚类的时候，计算了Gene-gene and cell-cell Pearson distances，并且去除了一部分 ribosomal, housekeeping and intermediate early genes (IEGs) 。但是这里不是Immediate early genes，不管怎么说，检索这个 intermediate early genes返回来的都是Immediate early genes的结果。其实想说的重点不是这两个名词的不同啦。
就是我们细胞质控一定要在聚类之前吗？ 聚类之后再看每个亚群的QC特征，如线粒体，Ngene等，根据这个，以亚群为单位来做质控可不可以呢？是完全可以的啊。
至于文章提出第二层次的聚类，2nd level clustering was performed separately on subsets of cells showing inner bulge (IB), outer bulge (OB), upper HF (uHF), or IFEbasal (IFE B) signatures. 其实就算第一次聚类去掉了某个质量差的亚群，在第二次聚类后，之前隐藏在大群内的一些cell也有可能聚成一个小的亚群，所以每次聚类最好都按照亚群看一下那几个QC指标。另一种策略是第一次聚类的时候尽可能地多聚出几个类，marker一样的再合并，减少聚类的次数以减少聚类带来的困惑。
虽然，我们问的是什么是Immediate early genes（IEGs），回答的却是单细胞数据如何质控的基本问题。
