3.GEO的ID转换已经通关了

如果不太清楚如何挖掘GEO数据库的，可以先看
1. 四文搞定GEO数据库转录组差异分析之简介

2. 四文搞定GEO数据库转录组差异分析之操作

1. 本文能解决的问题

在我们分析GEO数据的时候，总会遇到下面这样的GPL，没有gene symbol，也不太好转换。参考GEO芯片中的NM_，NR_开头的识别号如何转换成基因名称？等其他ID转换的文章，我们确实是可以完成任务，但是特别费时费力，而且总是得一种ID对应一种转换流程，很麻烦。

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当需要分析10个平台的时候，我们可能一个一个做，3天能做完，而如果当我们需要分析6000个平台的时候。。。

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本文主要针对没有symbol列的人/小鼠的芯片数据GPL文件进行自动、批量ID转换，对着电脑发会儿呆，GPL文件就处理好了。

2. 主要利用俩技术

正则表达式负责识别ID类型以及具体的每个ID

bioma****Rt包负责各种ID转换

3. 怎么用

1. 后台回复GEO芯片分析，获取相关代码和文件

2. 打开GPL_auto_ann.Rproj

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3. 在Rstudio的右下窗口File栏中双击GPL_auto_ann.R

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4. 修改第三行root_dir的目录名为GPL_auto_ann文件夹所在目录，以“/”斜杠分割，如此处为****D:/GPL_auto_ann

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5. 将需要ID转换的GPL文件放入GPL_file文件夹

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6. Rstudio左上区域ctrl+A全选代码，然后 图片

一些声明：

• 本文并未针对大鼠ID转换写相应代码，请运行之前检查！

• 由于GPL文件现在挺大的，因此输出文件将覆盖源文件，并仅保留两列（ID 列和symbol列）

• 针对原来就已经有symbol列的GPL文件，代码并未做任何修改

感谢观看到最后，敬请批评指正!