Topological analysis with betwee

问题的起因

image.png

看这篇文献中关于WGCNA的方法步骤的时候，中间有个分析一直看不明白他是搞的什么东西来选择hub基因。关于共表达网络分析，他使用的是WGCNA分析，下边分析的方法部分红色标注的是在WGCNA中的一些参数，后面对于hub基因的筛选则不是WGCNA中常见的分析，一般最近看的WGCNA文中中关于hub基因的挑选都是对WGCNA中的每个module的基因进行GO富集分析，对显著的GO term分析当作hub基因。但是这篇文章挑选hub基因是通过计算每个module的“degree"和“betweenness centrality"，然后通过对求取的值排序后，前10个当作hub基因。

image.png

后来在必应上搜WGCNA和betweenness centrality 出现了下边这篇文章，看这篇文章的方法部分，发现了如何对WGCNA结果计算betweenness centrality。

image.png

方法部分如下：

image.png

然后打开Igraph这个R包，以及它的教程文件，直接搜索betweenness centrality，发现计算方式是

image.png
然后搜网络图如何用Igraph包进行计算 image.png
image.png

(2条消息) 采用igraph包分析网络数据生信修炼手册的博客-CSDN博客采用igraph包分析网络数据
这样所有的问题就解决了，就能开心的当个调包侠用代码解决问题。哈哈哈哈