Linux IGV 自动画图 -- for 自动化报告

本着我自己能想到的别人肯定已经做过的原则，开始找有没有现成的工具。正好gith上有一个项目 IGV Snapshot Automator ，可以满足需求

git路径： https://github.com/stevekm/IGV-snapshot-automator

下载和安装方法，git上都有详细的说明，参考完成。

测试：
python make_IGV_snapshots.py ./test_data/test_alignments.bam
运行软件提供的测试数据后，会生成一个IGV_Snapshots 文件夹，里面包含*.png 图片
(当前python版本 =python3.8)

软件默认:
参考基因组=hg19
截图区间=regions.bed
结果路径=IGV_Snapshots

正式分析：

bam=$1
bed=$2
outdir=$3
/Data/Biosoftware/miniconda3/bin/python  /Data/Biosoftware/IGV-snapshot-automator/make_IGV_snapshots.py \
    $bam \
   -r $bed \
   -o $outdir \
   -g /Data/userhome/dujl/resources/hg38_ref/hg38.fa 

结果示意图：

chr4_54731986_54732109_h500.png