甲基化芯片学习记录

第一部分，学习甲基化的基础知识，参考资料：
甲基化的基础知识

第二部分，甲基化芯片分析的一般流程，包括了甲基化信号值的概念，可以做什么分析等，参考资料：
甲基化芯片的一般分析流程

第三部分 Bioconductor的代码流程
主要是使用了R包minfi做质控和标准化。
中文导读：Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程
原文网址：http://www.bioconductor.org/help/workflows/methylationArrayAnalysis/

最后曾老板给的标准流程，包括数据下载、质控及差异分析、富集分析，香！
数据下载：甲基化芯片数据下载如何读入到R里面
质控：甲基化芯片数据的一些质控指标

一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码

学完这些对甲基化芯片有了初步了解，还需要多看些文献。

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