R语言读入比对好的fasta文件然后做NJ树并做boostrap

今天的推文内容主要参考

• https://www.rpubs.com/michelleprem/683962
• https://fuzzyatelin.github.io/bioanth-stats/module-24/module-24.html

首先是读入数据

今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的usflu.fasta，fasta文件已经比对好，R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet包中的fasta2DNAbin函数

#install.packages("adegenet")
library(adegenet)
dna<-fasta2DNAbin(file = "usflu.fasta")
dna

计算距离矩阵

library(ape)
dd<-dist.dna(dna)

用到的是ape包中的dist.dna()函数

构建NJ树

tree<-nj(dd)

用到的是ape包中的nj()函数

ggtree进行可视化

library(ggtree)

ggtree(tree)+
  geom_tiplab(size=2)

image.png

做bootstrap检验

bs.tree<-boot.phylo(tree,dna,
                    function(x)nj(dist.dna(x)),1000,
                    trees = TRUE)

将得到的bootstrap值合并到tree中

tree$node.label<-bs.tree$BP

这一步不知道对不对，好像是有问题，暂时还不知道如何验证

结果里展示bootstrap值

ggtree(tree)+
  geom_tiplab(size=2)+
  geom_nodelab(hjust=-0.2,size=2)

image.png

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