本文内容主要来自徐云碧老师2016年发表在PBJ上的综述“Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement”，原文地址：Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement - Zou - 2016 - Plant Biotechnology Journal - Wiley Online Library

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BSA的优缺点

优点：相对于传统整个群体的分析，BSA通过简化流程显著降低分析量和成本，通过选择群体中的极端表型个体或者代表性个体就可以构建混池；可使用个体标记、微阵列和高通量测序的手段检测样本DNA、RNA和蛋白质等，简便易行。

缺点：对于多基因控制的复杂形状，BSA效力不足；BSA对遗传效应的估计可能会偏离实际，且不能检测表观变异；BSA对表型鉴定的失误不敏感。

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BSA流程和影响因素

BSA主要流程：群体构建 --> 混合 --> 表型鉴定 --> 数据分析 --> 应用

BSA pipeline and affecting factors

包括但不限于群体大小（and tail size，极端个体数目）、极端个体的选择、测序策略、复杂形状的遗传结构和标记密度。

提高BSA效力的几个方法：

在受控制的环境下进行表型检测，特别是针对低遗传力和受环境影响巨大的表型；

选择极端个体的数量需要考虑群体大小和表型变异解释力，如对于中小群体（200-500个体）选择20%-30%、对PVE达到10-15%的QTL则至少选20个个体；

在含3000个个体的原始群体中，选择10%的极端个体，有95%可能检测到表型变异解释力仅为1%的QTL；

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BSA的混池模式

对极端表型个体的选择可以是单或者双向的，不同的选择模式导向对于目标形状的一个、两个或者多个混池。

a)质量性状混池，取抗病R感病S；b)数量性状混池，常正态分布，取低值L高值U；c)多个相同混池；d)存在致死效应的混池，CK:来源于控制群体的植株和R:来源于选择压的植株

对于先混合再取样，还是先取样再混合这两种方式来说，对分析DNA并没有显著差异，所以考虑到性价比，前者是更合适的方法。

23.6.30更新 ：部分测序机构说每个子代分别提取DNA再混合可以降低背景噪音。

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