单细胞-V(D)J数据分析之scRepertoire安装有毒

众所周知，R包只分两种：一，安装一顺到底的R包；二，安装就和挑战过关卡一样有毒的R包（虽然主要原因是计算机知识太薄弱我不怪你但还是请你善良。。。），然后我就在准备分析V(D)J数据时遇到了这样一个“美好善良”的scRepertoire。。。

library(devtools)

devtools::install_github("ncborcherding/scRepertoire@dev")

由于装的R不是4.0及以上版本，所以装的开发板，然后关卡开始。。。

首先是依赖包（关卡）gsl安装的报错

-----ERROR1-----

configure: error: gsl-config not found, isGSL installed?

ERROR: configuration failed for package‘gsl’

--REASON--

因为没有安装‘gsl-devel’软件（GSL）,gsl-config是‘gsl-devel’包中的一个脚本

--SOLVE--

sudo yum install gsl-devel #RedHat#

---

-----ERROR2-----

image

--REASON--

哇这个原因研究了好久，陷入了本地R改环境变量LD_LIBRARY_PATH的泥潭，但是Rstudio（服务器中）就是没有反应，后来才明白Rstudio的动态共享库位置读取文件与R本地的不同，呵呵哒。。。。

--SOLVE--

本地R 可写入~./bashrc 或bash: export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"

**Rstudio **写入配置文件 /etc/rstudio/rserver.conf添加相应设置: rsession-ld-library-path=/usr/local/lib
重启RStudio-server
重启session

其次是依赖包（关卡）cubature安装的报错

-----ERROR1-----

image

--REASON--

这对我一个不是计算机出身的人来说就有点难了，然后自行搜索了解了C语言三种标准的历史，然并卵，该不会解决还是不会能解决C这种底层语言。。。

--SOLVE--

*TRY1

Sys.getenv()

Sys.setenv("CFLAGS"="-std=c99")

环境变量里是有了-std=c99的CFLAGS变量，但是，该报错还是报错，嗨。。。

*TRY2

挑战一下自己，胡搞搞说不定能闯出一番天地（过关卡）
更改安装文件 Makefile.in

路径：/tmp/Rtmpr6vOp5/downloaded_packages/cubature/src/Cuba-4.2-nonwin/makefile.in

添加如框：

image

加载本地R包：

image

然后稀里糊涂的就成功了。。。

嘿