ORF预测 | TBtools 旧功能，新特性！

ORF 预测是 TBtools 非常早的一个功能，估摸着应该是 2017年前后就写出来，然后释放。我看了下绘图引擎，还是用的JJplot2（这个引擎我已经有三四年没优化了）。当然，绘图是一个问题，功能特性或许是我更为关注。
常常，会有人对比 TBtools 和一些工具的预测效果。基于我几年前的测试，TBtools 的 ORF 预测和旧版本 NCBI 的 ORF Finder 功能表现一致。有好有坏，因为两者都是要求「全长读码框」，简单来说，比如是有 ATG 开头，然后以 TGA、TAG、TAA结束。最近开发 GSAman，也有不少朋友用了起来，于是会发现，事实上，存在不少基因，并非以 ATG 开头，同样，也不一定是以 TGA ... 结束。
当然，另外的情况是，比如克隆了 CDS，一代测序结果中，不定能直接测到全长CDS，可能会少一两个碱基。于是这个在 TBtools 原始版本的 Get Complete ORF 就无法得到良好结果。
表现如下，

因为终止密码子正好少了一个。正好有个师弟大半个月前跟我提到这个事情。我今晚是真不想干活，于是干脆想了一个逻辑，更快更好的完成这个事情，得到如下，

增加了一个「Partial CDS」，也及时支持不完整的 CDS，比如 5 端或者 3端，或者其实也支持 非ATG 开始或 TGA等结尾的 CDS，效果如下

可以看到右侧预测出来了一个最长CDS

结果会提示，3端不全。但事实上，全不全，大伙得自己确定，到底是不全，还是其实就是非经典模式？