GSEA小问题总结

如果不知道怎么做GSEA，请移步：https://www.jianshu.com/p/a1927f75043b

Q1: 做GSEA的geneList，需要先做P<0.05且|log2(FC)|>1吗？

可以做P<0.05，不需要做|log2(FC)|>1
P小于0.05就可以说明存在组间差异了（可以做P矫正BH法，这样去掉假阳性）。
但GSEA的本意是将Log2(FC)不那么大的基因也考虑在内，避免一刀切的方法。

Q2: 做GSEA的geneList，必须要FoldChange值吗？可以用P值吗？

不是必须用FC值，但是不能用P值
GSEA图的意义是表明是高表达还是低表达，然而P值不能表明这点
可以用T值代替FC值

• T值是什么？T检验中的一个中间值，正表示高表达，负表示低表达
• T值怎么找？t.test(D[1,c(1:3)],D[1,c(4:6)])[[1]]
• 怎样批量做T检验？https://www.jianshu.com/p/147b2195d6a3

Q3：用enrichplot做GSEA，一个通路都没有富集到怎么办？

报错信息如：preparing geneSet collections...
GSEA analysis...
no term enriched under specific pvalueCutoff...

包中默认的是P矫正<0.05才能纳入，我个人觉得有时太过严厉了。毕竟老师花钱测序等着你给他出结果，你告诉他GSEA一个都没找到，你觉得他能接受这个现实吗？

为了活下去，我默默的将0.05改成0.1，并且选择性不看P矫正值。

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