ltrharvest/LTRfinder计算LTR
2022-12-19 本文已影响0人
pumpkinC
- 使用gt ltrharvest计算基因组中的LTR
/data/mg1/caix/miniconda3/envs/EDTA/bin/gt ltrharvest -index Z1v2.fm.fasta -minlenltr 100 -maxlenltr 7000 -mintsd 4 -maxtsd 6 -motif TGCA -motifmis 1 -similar 85 -vic 10 -seed 20 -seqids yes > Z1v2.fm.fasta.harvest.scn
- 使用LTR_FINDER计算基因组中的LTR
/data/mg1/caix/src/LTR_FINDER_parallel-master/LTR_FINDER_parallel -seq A03.fm.fasta -threads 10 -harvest_out -size 1000000 -time 300
