GEO数据库(未完待续。。。)

1 通用文献阅读及规律

数据下载的3种方式
得到表达矩阵

1. gse download rawdata
2. 下载表达矩阵 series matrix files
   3.R 中读区gse id号
   getGEO包

a=read.table('',sep='\t'quote="",fill=T,comment.char="!",header=T)
rownames(a)=a[,1]
GSE11121
a=a[,-1]

read.table (sep='\t')
read.csv(sep=',')

ID转化

library(hgu95av2.db)
ids=toTable(hgu95av2SYMBOL)
b=length(unique(ids$symbol))
tail(sort(table(ids$symbol)))
table(sort(table(ids$symbol)))
plot(table(sort(table(ids$symbol))))

a %in% b判断前面一个向量内的元素是否在后面一个向量中，返回布尔值(True/False)。
logFC FC 是fold change的简写，logFC是FC的对数值，意义就是“差值倍数”. limma接受的输入参数就是一个表达矩阵，而且是log后的表达矩阵(以2为底).
log(x/y)=log(x)-log(y)
names(genelist)=rownames(nrDEG)

生存分析