estimate数据挖掘

2019-08-05 本文已影响6人因地制宜的生信达人

看到文章 Aging (Albany NY). 2018 标题是：Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment

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TP53突变型和TP53野生型BRCA病人的差异分析结果 https://mp.weixin.qq.com/s/Phu-MxA0d079HdtBWTHbWg
耐药患者组织与敏感的患者组织内的成纤维细胞比较 https://mp.weixin.qq.com/s/b4gTPB2Da5x7F8fr9MawkQ
TCGA数据库中三阴性乳腺癌在亚洲人群中的差异表达 https://mp.weixin.qq.com/s/IOGfzzpcWkzyQPzMADKY4g
有PIK3CA基因突变的肿瘤病人的转录水平变化 https://mp.weixin.qq.com/s/MJLEZPWqzJe4LaKRDtiZQQ
下载乳腺癌的芯片表达数据进行差异分析 https://mp.weixin.qq.com/s/CJb27qhbjdZadJDnK2vNLw
GEO数据挖掘-第六期-RNA-seq数据也照挖不误 https://mp.weixin.qq.com/s/eRzhXX2CTkXRifnR31KT4Q
GEO数据挖掘-第五期-肝细胞癌（HCC）-多组分开差异分析 https://mp.weixin.qq.com/s/w4yKK8nb10pLxwAF94ybfA
保姆式GEO数据挖掘演示--重现9分文章 https://mp.weixin.qq.com/s/PDG9-0-0BoesQbahj1ezmA
GEO数据挖掘-第四期-肝细胞癌（HCC） https://mp.weixin.qq.com/s/J_RcdFeQqWFErZobPPrKVw
GEO数据挖掘-第三期-口腔鳞状细胞癌（OSCC） https://mp.weixin.qq.com/s/n2k04i_AB9VyDZQeAlacTg
GEO数据挖掘-第二期-三阴性乳腺癌（TNBC） https://mp.weixin.qq.com/s/sBghqry6NpzjdgzQlYrFnQ
GEO数据挖掘-第一期-胶质母细胞瘤（GBM） https://mp.weixin.qq.com/s/5Bdx7YyAk8InYs2MFIUUVQ

第二期目录如下：

ESTIMATE (Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumor tissues using Expression data)
extracellular matrix (ECM)
World Health Organization (WHO)
Glioblastoma multiforme (GBM)
Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA) database.
overall survival (OS)
Affymetrix microarray data of all 417 GBM cases obtained in TCGA database
对芯片数据使用limma包找差异基因，阈值是Fold change > 1.5 and adj. p < 0.05 were set as the cut-offs to screen for differentially expressed genes (DEGs).

WHO把GBM分成3压型：