CNV检测新方法

cnv检测方法综述
一篇文献

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文献导读：
待更新。

其他方法：
CNVnator使用方法

source /hwfssz1/ST_MCHRI/REHEAL/USER/chendayang/10.XiangYa/SoftWareCompare/root/bin/thisroot.sh
/hwfssz1/ST_MCHRI/REHEAL/USER/chendayang/10.XiangYa/SoftWareCompare/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -tree /hwfssz1/STCHRI/REHEAL/USER/chendayang/00.rawdata/back/OtherProject/Tn5/47_Run20170926_MDA_small_cnv_test/01.Bwa_result/CL1036429_L02_9.sam.bam -root CL100036429_L02_9.root
/hwfssz1/ST_MCHRI/REHEAL/USER/chendayang/10.XiangYa/SoftWareCompare/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -root CL10003642902_9.root -d ./Ref_dir/ -his 100
/hwfssz1/ST_MCHRI/REHEAL/USER/chendayang/10.XiangYa/SoftWareCompare/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -root CL10003642L02_9.root -stat 100
/hwfssz1/ST_MCHRI/REHEAL/USER/chendayang/10.XiangYa/SoftWareCompare/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -root CL10003642L02_9.root -partition 100
/hwfssz1/ST_MCHRI/REHEAL/USER/chendayang/10.XiangYa/SoftWareCompare/CNVnator_v0.3/src/cnvnator -root CL10003642L02_9.root -call 100 > CL100036429_L02_9.cnv.txt

CNV检测新方法：
基于多重PCR目标区域捕获测序方法的CNV检测方法：
1，由于引物存在不同的捕获效率，和pcr扩增的不一致性，导致每个测序region的深度大不相同。
2，设置内参基因，
3，算法：t检验，数据归一化，计算z-score。