如何在Rstudio终端运行table2itol脚本生成itol
2019-11-28 本文已影响0人
Dayueban
整理：大月半
责编：王采荷
图一 来一张达尔文的生物进化谱系图
构建进化树的软件很多，但是找到一款符合自己三观和符合大众审美的并不那么容易，而且需要操作起来比较人性化，就更屈指可数了。如果你也想做做好看的进化树图，那么跟着我往下走吧。(备注：此次学习和总结是站在《宏基因组》公众号这个巨人的肩膀上完成的，在此特别感谢)[1]
第一步：下载table2itol.R脚本
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宏基因组公众号给出的百度网盘良心链接:https://pan.baidu.com/s/1X1qf3RQ_ggH_eiXl4dL8CA 提取码：68ci，可谓大牛一点拨，少走几千步弯路。
我是下载了百度网盘链接的内容，
table2itol.R脚本也在，也包括两个示例文件，annotation.txt和otutab.txt以及一个tree文件otus.nwk
图二 annotation.txt文件，其实就是每个OTU的描述性信息
图三 每个OTU对应每个样本的丰度信息
第二步：开启Rstudio终端（Terminal）
下载好网盘提供的文件夹后，新建一个Rproj，以项目的形式来运行某个阶段的任务。我在table2itol.R脚本所在的文件下新建了table2itol.Rproj。
LICENSE.baiduyun.downloading.cfg
README.md
table2itol.R # 为后面制备注释文件用到的脚本
table2itol.Rproj # 为新建的R project项目
图四 如何打开Rstudio 终端
第三步：运行脚本生成个性化注释文件
1 | 第一种形式
## 方案1. 外圈颜色、形状分类和丰度方案
# annotation.txt OTU对应物种注释和在每一组的平均丰度和总丰度信息，
#-a 找不到输入列将终止运行（默认不执行）-c 将整数列转换为factor或具有小数点的数字，-t 偏离提示标签时转换ID列，-w 颜色带，区域宽度等， -D输出目录，-i OTU列名，-l OTU显示名称如种/属/科名，
Rscript ./table2itol.R -a -c double -D style1 -i OTUID -l Genus -t %s -w 0.5 ../annot
ation.txt
# 生成注释文件中每列为单独一个文件
图五 生成文件一览表
2 | 第二种形式
## 方案2. 生成丰度柱形图注释文件
Rscript ./table2itol.R -a -d -c none -D style2 -b Phylum -i OTUID -l Genus -t %s -w
0.5 ../annotation.txt
图六 style2目录下文件一览表
3 | 第三种形式
## 方案3. 生成热图注释文件
Rscript ./table2itol.R -c keep -D style3 -i OTUID -t %s ../otutab.txt
图七 style3目录文件列表
第四步：iTol网站可视化
写在前面：如果没有iTOL网站账号的话，需要先注册登录后方可以使用，反正免费的，为什么不注册呢？
1 | 相关步骤
- 注册网站
图八 注册网站
- 上传tree文件
图九 上传tree文件
- 上传后可视化（初步）
图十 上传后可视化（初步）
图十一 可视化界面说明
图十二 如何添加注释文件
图十三 图片调整和导出
2 | 其它格式
除了只包含OTU分类信息和分组丰度之外，还有可以将每个OTU对应的个体的丰度的条形图，以及热图形式，风格多样。
关于前面制作的style2和style3注释文件同上述步骤一样，导入iTOL之后原始的进化树图的信息会变得更加丰富和饱满，还等什么赶紧动起手来吧。
