scanpy相关操作

2022-03-17  本文已影响0人  MR来了

基本操作

## 读取文件
import scanpy as sc
adata = sc.read("/path/00.datasets/HLCA/local.h5ad")

## 查看meta信息
adata.obs.head(5)

## umap图
sc.pl.umap(adata, color='scanvi_label')

## 提取数据
adata_copy = query_data[query_data.obs['new_tcell_num'] == 1]

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