scanpy相关操作
2022-03-17 本文已影响0人
MR来了
基本操作
## 读取文件
import scanpy as sc
adata = sc.read("/path/00.datasets/HLCA/local.h5ad")
## 查看meta信息
adata.obs.head(5)
## umap图
sc.pl.umap(adata, color='scanvi_label')
## 提取数据
adata_copy = query_data[query_data.obs['new_tcell_num'] == 1]