002.【数据库】两件事：请教代谢组高手、看文献

查了一天，鼓捣了一天，做了两件事，捋一下：

• 求助了一位公众号的幕后高手 袁同学
  我表达的意思是：

  1. 因为没有做实验的仪器、平台，也就没有所谓的原始数据了
  2. 想知道是否有现成的数据可用于分析
     • 对这个数据的具体形式我还没明确。仪器出来的数据要经过峰查询、解卷积、峰对齐，然后用质控样本RSD或四分位法进行去噪，然后用内标或总面积做归一化，才能导入软件进行下一步操作^[1]
  3. 类似于转录组的分析方法，可以从GEO、SRA、TCGA等数据库获取到其他研究者使用过的数据，进行二次挖掘

  袁同学的意思：

  1. 我一开始没说清楚，袁同学给我介绍了气质、液质定性分析时，如何选择已有的代谢组数据库，包括公共数据库、商业数据库、收集标本建立本地库等
  2. 其中说到：气质在定性分析时，建议公共数据库就可以；而液质则需要有自己的数据库，因为，即使液质仪器的条件一样，品牌一样，结果也会不同
  3. 当了解我的意图后，袁同学说，其他研究的代谢组数据不太好获取，因为不会公开。但有的文献会把数据公开出来，这可以作为突破口之一（这里他提到曾看到过一篇文献，整理了很多代谢组文献的数据，做了生信分析，线索不多，如果有同学看到过，烦请明示）

• 草草看了若干篇文献，把其中感觉能找出路子的文献，整理如下：

1. HMDB在2018年新发的一篇文献，是对目前4.0版本的介绍^[2]
2. 这篇文献搞了个代谢组学研究平台（但是官网进不去你说尬不）^[3]
   www.metabolomicsworkbench.org
3. 这篇搞了一个数据库RaMP：综合代谢通路、基因、蛋白、富集分析^[4]
4. 这篇也是个数据库IIMDB非靶向代谢物组学的（跟上面一样，逗我玩儿呢）^[5]
   http://metabolomics.pharm.uconn.edu/iimdb/
5. 这篇又一个数据库MetaboLights，这个很棒^[6]

• 下面这些都是具体的应用实例，要细细看：

6. Urinary Metabolomic Profiling in Chronic Hepatitis B Viral Infection Using Gas Chromatography/Mass Spectrometry^[7]
7. Utilization of Metabolomics to Identify Serum Biomarkers for Hepatocellular Carcinoma in Patients with Liver Cirrhosis^[8]
8. Serum and urine metabolite profiling reveals potential biomarkers of human hepatocellular carcinoma^[9]

明天细看文献，HMDB还没来得及琢磨，明天继续