chipBase:转录因子调控网络数据

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chipBase收集来自GEO,ENCODE数据库中的chip_seq数据，通过对这些原始数据进行分析，致力于构建各种转录因子与非编码RNA, 蛋白编码基因之间的调控网络，网址如下

http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/

数据库构建的流程如下

首先对来自10个物种一万多个样本的chip_seq数据进行分析，通过peak caling得到转录因子在基因组上的结合区域，同时提供了UCSC基因组浏览器可视化和motif分析。通过peak区域与各种非编码RNA, 蛋白编码基因的距离，预测对应的靶基因。

最后根据来自TCGA数据库和GTEx项目约2万例样本的转录组结果，对转录因子和调控基因的相关性进行分析。该网站提供了以下几个主要功能

1. 查看转录因子和基因间的调控网络

提供了转录因子与非编码RNA和蛋白编码基因之间的调控关系，以lncRNA为例，检索框如下

首先确定感兴趣的转录因子，然后选择对应的数据集，再选择靶基因筛选的范围，最终确定转录因子潜在的靶基因，结果示意如下

2. Regulator

输入感兴趣的基因，查看有哪些转录因子可能调控该基因，以TP53为例，示意如下

点击factor可以查看对应的详细结果，示意如下

3.  Chip-Function

对靶基因进行GO富集分析，检索框示意如下

结果如下所示

4. Co-Expression

分析转录因子和基因表达量的相关性，示意如下

点击每个数据集可以查看相关性分析的可视化结果，如下图所示

通过chip_base, 可以方便的查看转录因子与基因间的调控关系，还可以进一步结合转录组的共表达分析对结果进行筛选。

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