SMRTlink二三事-pbmerge

之前使用的samtools cat合成补测的样本，但是跑ccs生成ccs.bam的会报错，某个bam的id找不到，查询后发现需要使用pbmerge，

因此需要下载SMRT工具使用，下载官网上的软件包

image.png

使用这个命令安装cmd命令

image.png

~/software/smrttools/smrtcmds/bin/
在这里路径下调用命令

然后你会发现，还是没有pbmerge

后来谷歌到

pbmerge属于pbbam

后面我发现pacbio的工具可以通过conda安装

所以只要使用 conda Install pbbam
就可以使用pbmerge了