conda 安装 gmap 无法正常运行,提示...perl:
2023-08-08 本文已影响0人
生信石头
有分析经验的就会很清楚,conda安装一些程序的时候,可能打包的不太好,一些脚本shebang行指定的解释器路径有问题。直接替换即可。
perl -i -slpe '/^#!/ and $_="#!".$perlpath' -- -perlpath=$(realpath $(which perl)) `which gmap_build`
perl -i -slpe '/^#!/ and $_="#!".$perlpath' -- -perlpath=$(realpath $(which perl)) `which fa_coords`
perl -i -slpe '/^#!/ and $_="#!".$perlpath' -- -perlpath=$(realpath $(which perl)) `which gmap_process`