bin-map绘图，RectChr

bin-map绘图，参数调整（test） - 简书 (jianshu.com)

可以调整bin的密度

这里使用RectChr里的example，修改一下参数即可

需要的文件一个是SNP位置信息，另一个则是区间信息

##################################### 全局参数 #######################################################

SetParaFor = global

File1  =  4.bin            ##  这个是必须输入参数，并且尽量放在最前,格式为[Chr Start End Value1 Value2 ... ValueN]
                       ##  其中用NA表示不画，chr End End NA不画但End可以用来贝记为chr的长度
ValueX = 2             ##  多少层，类同circos多少个圈，这不设默认是N,即根据File1的格式来的，可以自己设
#ChrSpacingRatio =0.2  ##  不同染色体chr之间的间隔比例(ChrWidth*ChrSpacingRatio)
#Main = "main_Figure"  ##  the Figtur Name   #font-size  strokewidth=1;  fill="green"

################################ Figure ############################################################






##############################     画布 和 图片 参数配置 #################################
#Chromosomes_order =   ## chr的顺序和只列某些chr出来画，若没有配置，程序会按chr名自动排序 chr1,chr2,chr3
#body=1200   ##   默认是1200，主画布大小设置  另外：up/down/left/right) = (55,25,100,120);
#RotatePng   = 0  ##  对Figure进行旋转的角度
#RotateChrName  = 0  ##  旋转chr名字 text 
#ChrSpacingRatio=0.2    ##  不同染色体chr之间的间隔比例(Sum(ChrWidthX*X)*ChrSpacingRatio)





######    默认各层的配置参数 若各层没有配置的会，则会用这儿的参数 ######

SetParaFor = LevelALL  ##  下面是处理初始化参数 SetParaFor 参数处理,若为 LevelALL，即先为所有层设置的默认值
#File2    =             ##  可以输入别的文件
PType  = heatmap       ##  线，散点，直方图，热图,文本, line, scatter, histogram ， heatmap(highlights)和text
#ShowColumn =          ##  若SetParaFor为LevelALL时，N层的ShowColumn默认为File1的第ValueN所的Column(N+3)
                       ##  参数格式可以设为 ShowColumn=File1:4 File2:4,5
                       ##  File2:4,5 表示file1的第四和第五列用heatmap表示
#crBG="#B8B8B8"         ##  此层(ValueX)背景色  的配色
#TopVHigh=0.95          ##  此层Top of ValueX 用最高点颜色[0.95],其它再等分
#TopVLow=0              ##  此层Top of ValueX 用最低点颜色[0],其它再等分
##YMax=                 ##  设置此层(ValueX)的最大值,默认自动
##YMin=                 ##  设置此层(ValueX)的最小值,默认自动
#Gradien=10             ##  此层(ValueX)多少等分颜色
#ChrWidth=20            ##  此层(ValueX)在画布的宽度
#BGWidthRatio =1        ##  此层(ValueX)的背景(backgroup)的宽度默认和ChrWidth一样(0-1])
#LogP=0                 ##  此层(ValueX)不作 0-log10(Value) 处理
#ValueSpacingRatio=0    ##  同一染色体中此层(ValueX)之间的间隔比例(ChrWidth*ValueSpacingRatio)
#SizeGradienRatio=  ##设置渐变条的大小
########   更多配置的参数  可以自己设，没有的话会自动设置  #######
##Rotate/fill/Cutline/strokewidth/stroke/strokewidth/font-size/font-family/  =   ### 等等






##################################### 各层的参数 #######################################################
###   具体某层的具体配置   把 DealLevePara  设为具体正数(<=ValueX),然后可以具体修改此层要改变的部分

SetParaFor=Level1    ##  下面开始处理第 1 层 参数处理  颜色交换一下
crBegin="#006400"
crMid="#FFFF00"        ##  此层(ValueX)中间值Value 的配色

#ColorBrewer=           ## 这个一设,crBegin,crMid,crEnd 即不起作用。数值 : GnYlRd; Text为：Paired

SetParaFor=Level2    ##  下面开始处理第 2 层 参数处理
File2    =  ./output.txt          ##  可以输入别的文件 file1 兼容gz
ShowColumn = File2:4  ##  把file1的第五列用散点图形式画出来)
ChrWidth=10   #  宽度变小点
crBegin="#006400"      #