【R画图学习23.1】ggplot2展示多序列比对结果

以前做序列比对通常都是MEGA来做，然后有时候会用genedoc来展示，但是经常碰到一个问题就是没办法得到矢量图。所以一直在想用R能不能展示多序列比对的结果，尤其是核心关键domain的区域。

下面是paper中的一个结果，看着就很清晰。

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library("phylotools")

library("ggplot2")

library("tidyr")

library("dplyr")

df <- read.fasta("data.fasta")

df

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#用ggplot展示的话，我们就需要拆分成单个碱基的形式，有点类似长矩阵变成短矩阵的感觉。

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new.df <- df %>% separate(seq.text,paste0("col",str_pad(1:28,2,side = "left",pad = "0")),'') %>% select(-col01) %>%mutate(seq.name=factor(seq.name,levels = rev(seq.name))) %>% pivot_longer(!seq.name)

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下面就可以用ggplot画图了

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p1<-ggplot(new.df,aes(x=name,y=seq.name))+

  geom_tile(fill="white",alpha=0)+

  geom_text(aes(label=value))+

  theme_bw()+

  theme(axis.text.x = element_blank(),

        axis.ticks = element_blank(),

        panel.grid = element_blank(),

        panel.border = element_blank())

p1

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下面添加两侧的数字：

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df1<-data.frame(x=0,

                y=11:1,

                label=c(671,668,669,666,744,743,756,736,706,747,759))   #左侧

df2<-data.frame(x=28,

                y=11:1,

                label=c(695,692,693,690,770,665,777,761,727,768,780))  #右侧

p2 <- p1+

  geom_text(data=df1,

            aes(x=x,y=y,label=label),

            inherit.aes = FALSE,hjust=1)+

  geom_text(data=df2,

            aes(x=x,y=y,label=label),

            inherit.aes = FALSE,hjust=0)+

  coord_equal(xlim = c(-1,29))

p2

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下面就是添加颜色了：

我们把控制颜色的数据单独放在一个文件中，我只准备了部分。

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df3 <- read.table("tmp.txt",sep="\t",header=T)

df3

p2 +

  geom_tile(data=df3,aes(x=x,y=y,fill=group),

            color="white",show.legend = FALSE)+

  geom_text(data=df3,aes(x=x,y=y,label=label),

            color="white")+

  scale_fill_manual(values = c("#00adef","#ed1b24"))+

  labs(x=NULL,y=NULL)

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这样经过控制，就可以获得文中的效果了。